Los comienzos

  Aunque no hay acta de la constitución del primer equipo, sí se sabe que desde 1934 ya se había formado un equipo de fútbol entre jóvenes del barrio que se denominaba C.D. San Isidro. Este equipo fue presidido por D. José Tacoronte Guillén y tenía su sede para sus reuniones en una habitación de la casa de Bibianita, en la vivienda donde hoy se levanta la Asociación de Vecinos “El Labrador”. Este equipo jugaba contra otros equipos locales como Guanarteme, Nueva España, Almagro, Coruña y otros equipos de la época, hasta el año 1936 que con motivo de la Guerra Civil se paralizan las actividades del club quedando el material bajo custodia. Fueron jugadores de esa época entre otros: Gregorio Hernández, Ernesto Trujillo, Justo Mateos, Juan Mendoza, Juan Monzón, José Tacoronte, Los Hermanos Mateos Oliva, Pedro Mateos, etc.  Fue en 1939, tras la Guerra Civil, cuando se pone nuevamente en marcha el equipo. Esta vez fue D. José  Padrón quien, después de solicitar permiso para utilizar el equipaje al presidente el cual se encontraba en el campo de concentración de Gando, puso en marcha el equipo siendo en 1941 cuando se registra de forma oficial en el Gobierno Civil siendo por aquel entonces su presidente don Juan Molina Mendoza, teniendo mucho que ver en la gestión de don Esteban Suárez Pérez.

Década de los 40

De esta época destacan jugadores como Luis Ramos, Juan Vega Suárez, Faustino Vega, Manuel Vega, Donato Reyes, Juan Reyes, Paco Silva, Manuel Viera, etc. Fueron presidentes durante esa etapa: D. Juan Molina Mendoza, D. Felipe Del Rosario García, D. Francisco Alonso Mateos, D. Santiago Machín Pérez, D. Juan Medina Mauricio y D. Juan López Viera.

Década de los 50

 Los presidentes de esta década fueron don Gregorio Hernández Molina, don José Vega Guerra, don Francisco Padrón Godoy y don Luis Ramos Molina. En la temporada 1951-1952, la junta presidida por  Don Gregorio Hernández  decide no entrar en competición por diferentes problemas originados según algunos por la carencia de jugadores que se habían ido para otro equipo que ofrecía mejores condiciones económicas. Con el fin de que no se perdiera la actividad deportiva, el 7 de noviembre de 1951 se acordó hacer un torneo de infantiles que empezaría en noviembre y acabaría el 6 de enero de 1952. En mayo del año 1953 se acuerda jugar un partido contra el Atleti de Barrial.  En diciembre de 1953 se crea una comisión deportiva compuesta por: Luis Ramos Molina, Carlos Aguiar Sánchez, José Gil Padrón, Juan Guerra Ruiz y Juan Molina Mateos. En el año 1954 preside por primera vez la Junta Directiva D. Luis Ramos Molina. El 25 de abril de 1954  se juega un partido contra la Aldea. 27 de noviembre de 1955 partido contra el C. D. Casablanca por la festividad de La Milagrosa. 18-1-56 partido contra la U. D. Agaete, equipo recién constituido.

 El 22 de marzo de 1956, se cita a los señores socios para formar un equipo. Se nombra entrenador a D. Faustino Vega Ruiz y ayudante a D. Juan Betancor Pérez.13 de mayo de 1956 partido San Isidro-Casablanca por motivo de las fiestas. El 17 de junio se acuerda un torneo relámpago.  El 4 de julio del 1956 se acuerda entrar en el campeonato de Educación y Descanso de Guía. El 11 de agosto 1956 se acordó participar en un torneo “relámpago” en la Aldea con la participación del Goleta y La Aldea. Con tal motivo se organizó una gira con precio de ida y vuelta de 15 pesetas. Dicho torneo resultó un éxito ya que se salió campeón del mismo.  El 28 de octubre 1956 se organizó un partido contra el Unión Moral. En marzo de 1957 ocurre un hecho trascendental para el devenir del club ya que se compró el solar  de 240 metros cuadrados a la familia Estévez y donde hoy se levanta la sede del club. Dicho solar costó diez mil pesetas y se dieron a cuenta siete mil. Las tres mil restante fueron obtenidas gracias a la pericia del presidente Luis Ramos Molina, Dicha cantidad se obtuvo de un partido celebrado contra la U.D. Las Palmas en el Estadio de Barrial. El 25 de octubre de 1958, se acordó “darle entrada al equipo juvenil en el campeonato que dará comienzo próximamente”.

Década de los 60

 Fueron presidentes durante dicha década los siguientes: D. Antonio Vega Mateos, D. Manuel Padrón Godoy, D. Luis Ramos Molina y D. Juan Vega Mateos. En la temporada 1968-1969 el C.D. San Isidro resultó campeón de la Copa Federación al imponerse por 3-2 a la U.D. Agaete en la final celebrada en el López Zocas el 28 de junio de 1969. La dirección del equipo correspondía a don Juan Vega Mateos.

Década de los 70

  Los presidentes de la década fueron los siguientes: D. Juan Vega Mateos se hace cargo del club desde el año 1969 hasta el año 1975. D. Miguel Pérez Godoy  presidió el club durante las temporadas 1975/1976  y 1976/1977. D. Antonio Gil Álamo fue presidente del  club desde la temporada 1977/1978 hasta la temporada 1980/1981.  En la temporada 1971-1972 se ascendió a primera regional tras eliminar a la U.D. Lanzarote en la fase de promoción y en el se registró el lleno más grande de la historia del Estadio de Barrial. En 1979 se homenajeó a Antonio Jiménez “El Niño” en un emotivo acto. Este fiel seguidor del C.D. San Isidro durante toda su vida falleció en noviembre de 2008.

Década de los 80

  D. Antonio Gil fue presidente del club desde la temporada 1977/1978 hasta la temporada 1980/1981. D Gregorio Ruiz Hernández fue presidente desde la temporada 1981/1982 hasta la temporada 1985/1986. En la temporada 1986/1987 y 1987/1988 don José Montesdeoca se hizo cargo de presidir el club. Desde la temporada 1988/1989 hasta la 1991/1992 D. Luis Ramos Molina volvió por tercera vez a la presidencia del club.

Década de los 90

  En la temporada 1991/1992, D. Luis Ramos Molina volvió por tercera vez  a la presidencia del Club. Don Antonio Gil repitió en el cargo durante la temporada 1992/1993. D. José Montesdeoca vuelve a repetir en la temporada 1993/1994. Aparece por primera vez en el cargo don Antonio Bolaños García que se mantuvo en el mismo desde 1994 hasta 1998. Don Juan Vega Suárez se hace cargo de la presidencia del club desde el 998 hasta enero de 2002. En la temporada 1994/1995 se logró el ascenso a la primera categoría, dirigido por Venancio Monzón. En la  temporada 1995-1996, el C.D. San Isidro disputó sin éxito el ascenso a la categoría preferente habiéndose clasificado en segunda posición en la liga regular. El U. D. Balos se cruzó en su camino. En junio de 1996 se realizó un hermanamiento con el San Isidro de Granadilla  celebrándose un encuentro amistoso entre ambos equipos en el campo de Las Palmeras de la localidad de  Granadilla de Abona.

Década del 2000

  D. Juan Vega se hace cargo de la presidencia del club desde el 98 hasta enero de 2002. En febrero de 2002 hasta junio de 2005, D Antonio Bolaños García volvió a tomar las riendas del club. Desde el 1 de julio de 2005  hasta junio de 2009 Luis Díaz Armas fue presidente del club.  Desde junio de 2009 hasta la actualidad, D. Miguel Ángel Díaz es el presidente del C.D. San Isidro.